نزديكي با امام خميني، مديريت اهل بيت و نقش ايشان در مهم ترين وقايع دهه اول انقلاب از ايشان چهره مهمي ساخت. وضعیتی که در مرکز بسیاری از توافق ها و مخالفت ها قرار دارد. او واسطه امام با بسیاری از شخصیت های سیاسی کشور بود و مسئولیت تبادل پیام از طرفین را بر عهده داشت، به همین دلیل برخی امام را به انتخاب پیام متهم کردند و برخی صداقت و امانت او را تایید کردند. شاید ماجرای برکناری آیت الله منتظری از مقام رهبری یکی از مواردی بود که ایشان را در کانون تحلیل ها، تفسیرها و شایعات قرار داد. برخی وی را یکی از عوامل اصلی تخریب ذهنیت امام نسبت به آیت الله منتظری می دانند و برکناری وی از مقام رهبری را کار فرزند امام می دانند. اتفاقی که باعث شد در زمان حیاتش با انتشار جزوه ای با عنوان «رنج» به این اتهامات پاسخ دهد و پس از رحلت نیز همواره برخی از اعضای بیت امام به دفاع از ایشان پرداختند.
شاید مهمترین تعبیر او را فرزندش سیدحسن خمینی در تشییع جنازه اش به کار برد که گفت: پدرم گنجینه اسرار انقلاب بود.
البته سید احمد خمینی حتی پس از مرگ نیز کانون شایعات و گمانه زنی ها بوده است و اقوال و احادیث پیرامون درگذشت وی از مهم ترین آنهاست.
چند سال پیش برخی از چهره های سیاسی و رسانه ای علت مرگ سید احمد خمینی را نوعی ترور بیولوژیک به دست سید امامی، معاون وقت وزارت اطلاعات اعلام کردند و وی را جزو قربانیان قتل های زنجیره ای اعلام کردند. . سوالی که البته هرگز به صورت رسمی تایید نشد.
حدود یک سال پیش، انتشار ادعایی درباره نحوه و علت درگذشت سید احمد خمینی، خانواده فرزند بنیانگذار انقلاب اسلامی و مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام را مجبور به تشکیل پرونده کرد. شکایت کرده و بیانیه صادر کند.
حسین دهباشی، مستندساز در توییتر خود از محکومیتش به شش ماه حبس تعزیری به دلیل مقاله ای که درباره علت مرگ احمد خمینی در دادگاه تجدیدنظر نوشته بود، خبر داد.
وی در تاریخ 16 بهمن 1400 توئیت هایی منتشر کرد و بلافاصله آن ها را حذف کرد که تصویری از پایین آمدن امام خمینی از پله های هواپیما در 12 بهمن 57 بود و علت مرگ حاضران در این تصویر را نوشت: «ابوالحسن بنی صدر در فرانسه درگذشت. ، صادق طباطبایی در آلمان، حسن لاهوتی، مرگ در اوین، صادق قطب زاده، اعدام، مرتضی مطهری، ترور و احمد خمینی، مرگ بر اثر مصرف بی رویه.
اندکی بعد، پایگاه خبری جماران در یادداشتی حسین دهباشی را به «مقایسه ناعادلانه» با سیداحمد خمینی متهم کرد و نوشت: «این پست وی با حجم زیادی از اعتراضات پیروانش همراه بود تا جایی که وی پست خود را حذف کرد. پست. البته بعداً یکی از معترضان در پاسخ این ادعای کذب را به مرحوم آیت الله هاشمی رفسنجانی نسبت داد. این انتساب امروز به شدت از سوی پسر آقای هاشمی تکذیب شد. دهباشی البته سعی کرد حرف خود را توجیه کند و نوشت که شاید منظور «مصرف بی دلیل از داروهای مختلف مرتبط با بیماری های مختلف» باشد! و افزود که «برخی از دوستان بالا» که «از قبل وصل بودند» از او خواستند پست خود را حذف کند.
پس از گذشت یک سال از آخرین جنجال پیرامون این چهره مهم انقلاب و جمهوری اسلامی، انتشار تصویری از سخنرانی وی در همایش فتوای ترور سلمان رشدی در رسانه ها و فضای مجازی خبرساز شد.
سید احمد خمینی در این سخنرانی که در اسفند 1348 در «سمینار تبیین تصمیم تاریخی امام در مورد مؤلف آیات شیطانی» ایراد شد، خطاب به حضار – ظاهراً نیروهای امنیتی آن دوره – گفت: «در اروپا. کتابخانه‌ها منفجر می‌شوند و سفارت‌ها در حال سوختن هستند.» او به آنها می‌گوید که شما می‌توانید از این طریق صدمه ببینید، زیرا یک جبهه جنگ برای گرفتن یک تپه می‌تواند صدها نفر را بکشد.
انتشار این سخنان در فضای جدید روز گذشته با واکنش فعالان دنیای مجازی مواجه شد. واکنش هایی که بر اساس معیارهای امروزی جامعه بیان می شد بیشتر منفی بود.
این مشکل پایگاه جماران وابسته به دفتر حفظ و نشر آثار امام خمینی (ره) را بر آن داشت تا با انتشار یادداشتی توضیحی در این باره ارائه کند.
در این یادداشت آمده است: «همانطور که مشخص است، این سخنان نه به صورت مخفیانه، بلکه در یک جلسه رسمی با اقشار مختلف حاضر بیان شده است. به تازگی کلیپی از این سمینار منتشر شده است که در آن آقای سید محمد خاتمی رئیس دولت اصلاحات از این فتوا دفاع کرده است.
نویسنده ادامه می دهد: اگرچه تاریخ برگزاری این سمینار اسفند 69 است، اما برخی افراد و رسانه ها تصور می کردند که این سخنان در ماه های پایانی حیات امام خمینی (ره) گفته شده است و بر اساس ادعای واهی به تحلیل مقاصد امام خمینی (ره) نشستند. مرحوم آقاي حاج سيد احمد خميني».
جماران در توضیح وضعیت این سخنان می نویسد: «زمینه این گفتار مهم است. آقای حنیف قریشی نویسنده پاکستانی انگلیسی الاصل در خصوص فتوای امام خمینی و واکنش ها به آن گفت: «این یکی از مهم ترین رویدادهای تاریخ ادبیات پس از جنگ است. [جهانی] در واقع، جهان اسلام قبل از توهین به بنیانگذار خود، پیامبر، خود را در مقابل یکی از ارزش های اصلی جهان غرب که آزادی بیان است، قرار داده است. با مرگ، یا به دلیل آنچه می‌گوید یا می‌نویسد با خطر جدی مواجه می‌شود، بر خلاف این جمله که «هیچ کس نباید آنقدر آزاد باشد که آبروی پیامبر (ص) را به مسلمانان – که یک ربع هستند، توهین کند. جمعیت.” جهان را تشکیل می دهند – توهین و تهمت» و شاید به نوعی معکوس تفاوت این دو جهان در تعریف آزادی».
وی در ادامه این یادداشت با ذکر وقایع و حمایت شخصیت های جهانی از تصمیم امام نوشت: در چنین فضایی سمینار «تبیین تصمیم تاریخی امام در خصوص نویسنده کتاب آیات شیطانی» و انقلابی برگزار شد. ایران موضع تقابلی گرفت. »
در این یادداشت درباره برخی از پیامدهای انتشار این سخنان در این مقطع آمده است: «بنابراین، اگرچه انتشار و برجسته سازی این سمینار در این زمان ممکن است کارکردهای مختلفی داشته باشد، از جمله فشار بر سیاست تنش زدایی بین ایران و اروپا، تضعیف بیشتر آن. جریان‌های اصلاح‌طلب وفادار به بنیانگذار و… اما هرگونه تحلیل و تفسیر بی‌طرفانه از سخنان سیدمحمد خاتمی، سیداحمد خمینی (و دیگرانی که در آن سال‌ها موضع‌گیری کردند) باید در چارچوب‌های مذکور انجام شود.
جماران در پایان تفسیر سخنان سیداحمد خمینی نوشت: «نکته آخر این است که تحلیل ها با حکم امام خمینی متفاوت است. همانطور که گفته شد، برخی آن را تبلور تقابل دو سنت مهم معاصر، یعنی. اسلام و غرب برخی آن را نماد ایران انقلابی پس از پایان جنگ عراق بدون برنده تفسیر کرده اند و برخی این فتوا را علیرغم حمایت بسیاری از بزرگان دینی تفسیر کرده اند. خلاف رویه علمای اسلام است. اما آنچه غیرقابل انکار است این است که این فتوا حتی در غیاب صادرکننده آن همچنان زنده است.