سرمربی پرسپولیس که در این فصل به دلیل بی نتیجه بودن تحت فشار زیادی قرار دارد، با یک حرکت عجیب ابتدا کاپیتان اول و دوم تیمش را به همراه فرشاد فرج از لیست دیدار برابر شهر هودرو حذف کرد اما پس از چند ساعت از تصمیم خود منصرف شد و این 3 بازیکن را به اردو فرا خواند.
اولین تصمیم انضباطی یحیی گل محمدی به شروع فصل و بازی مقابل فولاد برمی گردد. زمانی که علیرضا ابراهیمی مدافع تازه وارد، قرمزها به تصمیم یحیی گل محمدی برای نیمکت نشینی در این دیدار اعتراض کردند و همین مشکل باعث شد یحیی با او برخورد کند و نه تنها برای او بازی نکرد، بلکه مانع از حضور تیمش در تمرینات تابستانی شد. اگرچه این موضوع خیلی زود با بزرگان تیم و عذرخواهی ابراهیمی حل شد، اما ابراهیمی تقریباً با یحیی گل محمدی شکست خورد.
دومین دیدار سرمربی پرسپولیس با حامد لاک دروازه بان اول تیمش بود. شانس پس از نمایش ضعیف در پرسپولیس و دریافت گل عجیب مقابل تیم امید، توسط یحیی گل محمدی از تمرین محروم شد و به مرز اخراج رسید. یحیی معتقد بود دیگر انگیزه ای برای حضور در دروازه پرسپولیس ندارد اما پس از آن حرکت متوسط مدیرعامل قرمزها باعث شد تا لاک با عذرخواهی یحیی گل محمدی و داوید فنایی به تمرینات پرسپولیس برگردد.
سومین تصمیم انضباطی یحیی زمانی بود که مهدی عبدی، مهاجم جوان سرخ‌ها در فاصله دو نیمه بدون اطلاع سرمربی، ورزشگاه کاظمی را در حالی که تیمش مقابل زمین در یک بازی تدارکاتی بازی می‌کرد، ترک کرد و در جشن قهرمانی نساجی شرکت کرد. او با حضور در جلسه انضباطی و فسخ قراردادش از تمرین محروم شد و به اردوی این تیم بازگشت و چند بازی روی نیمکت نشست.
نکته عجیب اینجاست که در این فصل تنها یک بازیکن از مجازات انضباطی یحیی گل محمدی نجات یافت و شامل پنالتی نمی شود. رامین رضاییان که پرسپولیس را برای نیم فصل اول در بازی تک به تک مقابل ذوب آهن خرید، ابتدا حاضر به تعویض نشد اما دقایقی بعد با تعویض موافقت کرد. رامین اما با نیمکت نشینی دست از اعتراض برنداشت و شاید کریم باقری در آن زمان تعیین کننده نبود و در فضاهای تنگ کار می کرد.
گل محمدی که در این فصل رفتارهای عجیب و غریب زیادی مرتکب شده بود، چندین بار شاگردانش را جریمه و تنبیه کرد اما رضایان نیز به دلایل نامعلومی از جریمه فرار کرد. این در حالی است که به گفته هواداران و پیشکسوتان پرسپولیس رفتار رامین نیاز به برخورد انضباطی داشت اما یحیی به راحتی آن را دور زد.