بر اساس قانون تامین کننده اصلی سرمایه شرکت های دانش بنیان، نوآور، خلاق و فناور، نهادی به نام صندوق نوآوری و شکوفایی است. این صندوق با مدیریت علی وحدت اداره می شود که اعضایی از جمله محسن دهنوی عضو شورای رئیسه، مجتبی توانگر (نماینده)، علیرضا عباسی (نماینده) و سعید نمکی وزیر سابق بهداشت در هیئت عامل و هیئت اجرایی آن حضور دارند. متولیان. سرمایه اولیه صندوق مبلغ قابل توجهی 3000 میلیارد تومان است و بر اساس قانون جهش محصولات دانش بنیان که اخیراً در شورای اسلامی ایران تصویب شده، ردیف های بودجه خاصی نیز به آن اختصاص یافته است.
صندوق نوآوری و شکوفایی همواره یکی از اصلی ترین موضوعات مورد بحث فعالان اکوسیستم نوآوری ایران در فضای مجازی و رسانه ها محسوب می شود، اما به نظر می رسد در یک سال و نیم اخیر، شاخص نقدها نسبت به عملکرد این صندوق بوده است. به شدت افزایش یافته است.
در حال حاضر فرآیند جذب شرکت‌های دانش‌بنیان، خلاق و نوآور توسط معاونت علمی و فناوری ریاست‌جمهوری تسهیل می‌شود، حتی شرکت‌هایی که کتاب‌های دینی را در قالب اپلیکیشن در خانه خلاق مرتبط با حوزه علمیه قم و سازمان عرضه می‌کنند. تبلیغات اسلامی بر اساس دانش و شرکت های خلاق شناسایی می شوند. خود شرکت های خلاق بر اساس توافق ستاد فرهنگی صنایع نرم و خلاق و مرکز شرکت های دانش بنیان معاونت علمی به عنوان شرکت های دانش بنیان شناخته می شوند. شرکت‌های غیر دانش‌محور اما نوآور نیز می‌توانند از طریق صندوق‌های تحقیقاتی و فناوری تحت صندوق نوآوری و شکوفایی کمک‌های مالی دریافت کنند.
حجم تسهیلات ارائه شده توسط این صندوق به شرکت های دانش بنیان در سال 1400 به رقم قابل توجه 4909 میلیارد تومان رسید و امسال بیش از 2000 میلیارد تومان تسهیلات ارزان قیمت پرداخت کردند.
یکی از انتقادات اساسی به صندوق نوآوری عدم شفافیت ذی نفعان است. این صندوق از انتشار فهرست دریافت کنندگان خدمات بسیار ارزان صندوق خودداری می کند، انتشار این فهرست به خبرنگاران و فعالان این حوزه اجازه می دهد تا عدم وجود فساد، سوء استفاده و امتیازات این شرکت ها را بررسی کنند.
صندوق نوآوری و شکوفایی شامل انواع تسهیلات است. این شرکت نمونه سازی، تولید صنعتی، تولید پیش از صنعتی، جذب شغل، ایجاد شغل، فروش پس‌انداز، اجاره، تسهیلات توسعه، فضاهای نوآوری و شتاب‌دهنده‌ها را ارائه می‌دهد. به گفته کارشناسان، در حال حاضر اکثر شرکت های دانش بنیان و نوآور به دلیل رکود تورمی حاکم در جامعه عملاً غیرفعال هستند و یا عمدتاً شرکت های کاغذی برای رفع مشکلات هستند.
به همین دلیل، تزریق مالی گسترده صندوق نوآوری و شکوفایی برای اهداف مالی ناشناس و محرمانه به اعتراضات در اکوسیستم فناوری کشور دامن زد. در یک مثال واضح، بسیاری از شتاب دهنده‌ها برای دریافت حمایت مالی و تسهیلات، استارت‌آپ‌ها را جعل می‌کنند، ایجاد سایت و پر کردن فرم‌ها بدون ارائه محصول یا خدمات واقعی، یکی از راه‌های جعل استارت‌آپ است.
اگرچه تبلیغات و مبالغ هنگفتی که صندوق نوآوری و شکوفایی صدا و سیما برای تولید اخبار و برنامه ها پرداخت می کند، نتایج خیره کننده به دست آمده از این تسهیلات را برجسته می کند، اما ظاهراً چنین اقدامات زیانباری از سوء ظن شدید منتقدان و مدیران استارت آپی نمی کاهد. اعطای مجوز تاسیس مراکز، شرکت ها و موسسات نظارتی به دوستان و نزدیکان یکی از سوالاتی است که همواره پیرامون این صندوق مطرح بوده و مدیران صندوق پاسخ روشنی به آن نداده اند.
در حال حاضر نرخ تسهیلات بانکی در عمل می تواند بیش از 20 درصد باشد و نرخ واقعی تورم بیش از 50 درصد برآورد می شود، بنابراین تسهیلات غیربانکی صندوق نوآوری و شکوفایی که با شرایط بسیار ویژه ارائه می شود. عملاً مانند پیدا کردن پول در خیابان هستند
نرخ سود ابزار اشتغال پایدار این مجموعه تنها ۲ درصد است. همچنین بسیاری از انواع تسهیلات صندوق دارای دوره تنفس بلندمدت تا 36 ماه هستند که با توجه به سطح تورم، درآمد قابل توجهی برای تسهیلات گیرنده ایجاد می کند. اخذ این تسهیلات از چهره های تاثیرگذار و تنزیل آن به نرخ سود بازار یکی از موضوعات جدی است که تاکنون به صورت مستقل بررسی نشده است.
رئیس صندوق نوآوری و شکوفایی در یادداشتی در روزنامه جام جم با اشاره به سخنان رهبر انقلاب مبنی بر اینکه «پول پاشیدن راه به جایی نمی برد» بر ارائه صریح صندوق تاکید کرد، اما منتقدان می گویند در مورد مبهم و مبهم اینطور نیست. ارائه این موسسه مالی