رابطه امیر عابدینی با استانکو پوکلپوویچ به قدری خوب و صمیمی بود که عابدینی استانکو را برای مدت کوتاهی که ریاست فدراسیون فوتبال را برعهده داشت، به عنوان سرمربی ایران منصوب کرد، البته استانکو در آن روزها علیرغم فوتبال خوبی که تیم زیر نظر داشت. رهبری او در تیم ملی موفق نشد و در سال 1994 با تیم ملی ایران از بازی های آسیایی کنار رفت تا ازبکستان قهرمان این رقابت ها شود.
شاید این تنها نقطه سیاه استانکو در فوتبال ایران بود، ایران در آن سال ها و در 4 دوره مسابقات که از سال 1990 تا 2002 با حضور پروین، پورحیدری و برانکو برگزار شد، به مقام قهرمانی بازی های آسیایی رسید و تنها در جام 1994 قهرمان شد. ازبکستان و در زمان سرمربی استانکو داد
روابط خوب استانکو و عابدینی در خرداد 1354، پس از چندین سال، سرانجام تیره شد تا اینکه روزنامه آینه این مطلب از امیر عابدینی را با تیتر: استانکو دچار مشکل شده است.
جمله ای که بعداً با اظهارات خارج از رکورد استانکو که در آن از دخالت عابدینی شکایت کرده بود، کالبدشکافی شد. دخالت هایی که بعدها بارها در تیم های تحت مدیریت عابدینی دیده شد و خود عابدینی نیز در مصاحبه های مختلف در تیم های تحت مدیریت خود به آن اشاره کرد.
پس از جدایی استانکو، پرسپولیس راهی درخشان شد و درخشان با پیروزی درخشان 3 بر صفر مقابل استقلال در تیرماه 76، کمی بعد جای او را گرفت.
