مذگان شجریان با محمدعلی رفیعی مدیر کنسرت پدر شجریان ازدواج کرده و دارای یک دختر به نام مهر و پسران دوقلو به نام های سپر و سام است.
مژگان شجریان در سال 2012 به آمریکا مهاجرت کرد و در حال حاضر ساکن کالیفرنیای جنوبی است. او عکسی در کنار دخترش مهر منتشر کرد.