زمزمه هایی مبنی بر اختلاف بین یحیی گل محمدی و کریم باقری شنیده می شود اما هیچ کدام از طرفین این شایعات را تایید نمی کنند. حتی گفته می شود داوید فنای مربی دروازه بان های پرسپولیس از مشکلاتی ناراحت است اما به هر حال هنوز باید دید سرنوشت کریم باقری که تیم ملی را مقابل کره جنوبی همراهی نکرد چه می شود؟
خیلی ها معتقدند آقای کریم می تواند در روزهای منتهی به بازی با یک هوادار به تمرین پرسپولیس برگردد و تیمش را در آن مسابقه همراهی کند اما برخی دیگر می گویند ممکن است باقری به طور کامل از دیدار پرسپولیس منع شود.
کریم باقری هم با پرسپولیس و هم با تیم ملی ایران قرارداد دارد و در هر صورت باید تا پایان قرارداد به تعهدات خود پایبند باشد.