حضور در تیم سپاهان در اولین فصل لیگ برتر برای محمد محبی به قدری خوش شانس بود که او جدای از حضور در لیگ برتر و لیگ قهرمانان آسیا، پیراهن تیم ملی و امید را نیز بر تن کرد. مربیگری مارک ویلموتس نیز یکی از بازیکنان ثابت تیم ملی در مسیر مقدماتی جام جهانی 2022 شد. اما اوضاع برای محمد محبی خوب پیش نمی رفت. اگرچه عملکرد خوب او در تیم سپاهان باعث حضور در تیم سانتا کلارای پرتغال شد اما موفق شد مقابل تیم های بزرگی مانند بنفیکا در این تیم گلزنی کند. محمد محبی به استقلال بازگشت تا بار دیگر پیراهن تیم ملی را بر تن کند و بازی های خوبی برای این تیم انجام داد اما با وجود دعوت در لیست نهایی تیم ملی برای سفر به دوحه برای از دست دادن جام جهانی 2022 قرار نگرفت.
با انتخاب امیر قلعه نویی به عنوان سرمربی تیم ملی قابل پیش بینی بود که محمد محبی دوباره به اردوی این تیم دعوت شود. ضمن اینکه او امروز بازیکنی تاثیرگذار در ترکیب استقلال است و در یک کلام قوی و مفید برای آبی پوشان بازی می کند. در ابتدای فصل، ریکاردو ساپینتو به شدت بر جذب او اصرار داشت و حاضر نبود او را حتی برای یک بازی از تیم خارج کند. او و مهدی کایدی در تیم استقلال آنقدر خوب کار کردند که آبی پوشان با 18 گل در بازی برگشت، تهاجمی ترین تیم لیگ برتر شدند. محمد محبی که این فصل در تیم استقلال علاوه بر جناح راست، خود را در جناح چپ و حتی بالای خط نیز محک زد، تیم ملی کار ساده ای نیست.