از زمانی که کارلوس کی روش به عنوان سرمربی تیم ملی روی کار آمد بحث حضور دستیار ایرانی در کارنامه او مطرح شد و سرمربی پرتغالی که از ابتدا تا چندی پیش بر حضور جواد نکونام اصرار داشت، پس از با امتناع از این همکاری، دستیار سابق او که در دوره قبلی حضورش در ایران با او کار می کرد، برگشت و مارکار آقاجانیان را به نیمکت تیم ملی منصوب کرد.
چند روز پیش نام آقاجانیان برای اولین بار توسط اصولی، سخنگوی هیات رئیسه فدراسیون مطرح شد اما هنوز قطعی نشده بود و احتمال حذف او وجود داشت که اضافه خواهد شد. به تمرین بستن پرونده دستیار ایرانی کی روش در مسابقات جهانی.