در آخرین فصل حضور برانکو ایوانکوویچ در پرسپولیس، محمد حسینی یکی از بازیکنان مورد اعتماد این تیم در نیم فصل توسط سرمربی کروات به تیم بزرگسالان منتقل شد و تا جایی که گابریل کالدرون جایگزین او شد نیز مورد توجه قرار گرفت.
در دوران مربیگری این مربی آرژانتینی، حسینی فرصت بازی پیدا نکرد و مجبور شد برای گذراندن خدمت سربازی به اردویی برود. حسینی پس از دو فصل حضور در اردو و پایان دوران سربازی، حالا به پرسپولیس برمی گردد.
این بازیکن در پست هافبک بازی خواهد کرد و دو فصل دیگر با سرخپوشان قرارداد دارد و باید دید یحیی گل محمدی و کادر فنی پرسپولیس برای او چه تصمیمی خواهند گرفت.