استقلالی ها در چند سال اخیر به دلیل گلایه های سرمربی و بازیکنان خارجی خود دچار مشکلات زیادی شدند و البته هزینه های بسیار زیادی هم پرداخت کردند. این تیم به دلیل اختلاف با آندره آ استراماچونی لیگ قهرمانان آسیا را از دست داد و در 4 سال اخیر بارها پنجره نقل و انتقالات این باشگاه به دلیل بدهی های خارجی مسدود شده است.
جواد نکونام با مدیران باشگاه استقلال برای مدیریت طلبکاران خارجی مذاکره کرده است تا پنجره استقلال مانند سال های گذشته بسته نشود. چرا که استقلال در این زمینه هزینه کافی را پرداخته است و نمی خواهد پنجره تیمش را در رقابت های لیگ برتر بسته ببیند یا در نقل و انتقالات زمستانی.
استقلال این روزها مورد انتقاد دو شاکی خارجی است. اولی ریکاردو ساپینتو و دومی رافائل سیلوا که در صورت عدم اجابت به فیفا شکایت خواهند کرد.