تاریخ نشان می دهد که آبی ها در فصول موفق به دفاع از عنوان قهرمانی نشدند و در پله های چهارم، سوم و پنجم قرار گرفتند.
*لیگ ششم
پایان آزمایش 3 ساله امیر قلعه نویی با قهرمانی در لیگ پنجم؛ یک روز باشکوه و در ورزشگاهی مملو از تماشاگر، استقلال با شکست برق شیراز قهرمان لیگ شد و از آن روز آبی ها محل هجوم شدند که در نهایت آنها را فتح کردند. مجتبی جباری به عنوان طراح اصلی حملات استقلال فصل بعد را به دلیل قطع رابطه از دست داد. رضا عنایتی که موتور 3 فصل اخیر استقلال بوده راهی امارات شد و امیر گله نوی با درایت جمعی! فدراسیون موقت فوتبال در جریان کمیته انتقال روی نیمکت تیم ملی نشست. علیرضا نیک‌بهت واحدی هم به پرسپولیس رفت در حالی که امیرگله نوح دوست نداشت نیک‌بهت یاغی شود و به پرسپولیس برود. چنین تیمی به صمد مرفاوی واگذار شد که سابقه دستیاری داشت اما هرگز در لیگ برتر مربی نبود. استقلال با اضافه شدن چهره هایی چون علی علیزاده، جولسون داسیلوا، علی انصاریان و خرید بیکر احمدی به عنوان جانشین جباری دوباره ترمیم شد. نتیجه نهایی این بود که مرفاوی در هر دو دربی شکست خورد و در لیگ برتر در رده چهارم ایستاد و همچنین نرسیدن لیست به لیگ قهرمانان آسیا وحشتناک که نیاز به توضیح بیشتر ندارد. آن روزها استقلالی ها روزهای سختی را تحمل کردند. حذف از لیگ قهرمانان آسیا که به خودی خود ماجرایی تلخ بود.
*لیگ نهم
مدیریت و مشاوران واعظ آشتیانی در نهایت امیر گله‌نوی را پس از دومین قهرمانی در لیگ برتر با استقلال به ترکیب اصلی رساندند، این در حالی است که استقلالی‌ها قهرمان جام حذفی و لیگ شدند و تقریباً در یک فصل با او دبل کردند. این بار البته تغییر خاصی در ترکیب تیم ایجاد نشد اما جباری باز هم فصل را به دلیل شکسته شدن تساوی از دست داد. صمد مرفاوی بار دیگر روی نیمکت نشست و بار دیگر بی تابی خود را نشان داد. استقلالی ها در ابتدای فصل با عنایتی، اکبرپور و کاظمی درگیر شدند و با بیانی زشت و توهین آمیز اولین عذرخواهی او را خواستار شدند. شاگردان مرفاوی در نهایت طبق معمول چند هفته مانده به پایان فصل به این نتیجه رسیدند که استقلال شانسی برای قهرمانی ندارد. نتیجه زوج مرفاوی واعظ این بود که استقلال خریدهای خوبی از جمله محمد محمدی (که اکنون نایب رئیس پرسپولیس است)، رضا عنایتی، مهدی سیدصالحی، امیرحسین صادقی و حنیف عمران زاده بود.
*لیگ سیزدهم
برخلاف دو فصل قبل، این بار استقلال موفق شد در فصل بعد از قهرمانی سرمربی خود را حفظ کند. امیر کالا نوی باقی ماند تا خیلی چیزها را از زبان خودش ثابت کند که البته خیلی چیزها را ثابت کرد. او تمام تلاش خود را کرد تا تیمی برای لیگ قهرمانان بسازد و تا جایی که ممکن بود به آن نزدیک شد. استقلال به نیمه نهایی لیگ قهرمانان آسیا رسید اما به فکر گلزنی از محوطه جریمه نبود. استقلالی ها نظری، جمشیدیان، پیمان نوری، آندو تیموریان، محمد گازی را خریدند و علیرضا نیکبخت را برای این فصل بازگرداندند اما از دست دادن محتبی جباری، پیمان منتظری، جواد نکونام و حتی میثم بائو در نهایت مقابل این تیم بود. استقلال فصل را در رده پنجم به پایان رساند، نیمه نهایی لیگ قهرمانان آسیا را دید اما در آخرین دیدار لیگ برتر با نتیجه 3 مغلوب تراکتورسازی شد و راهی دور بعد شد.
*لیگ بیست و دوم
تاکنون مشخص شده است که سرمربی این تیم نیز مانند دو دوره اول لیگ برتر پس از قهرمانی در جام حذفی راهی تیم دیگری شده است. سرمربی جدید هنوز انتخاب یا به صورت رسمی معرفی نشده، خبری از نقل و انتقالات نیست و استقلالی ها نگران هستند. هنوز کسی نمی داند چه خبر است. استقلال در سکوت کار می کند و باید دید سرنوشت قهرمان لیگ برتر در این فصل چه خواهد شد.